Pada awal Julai 2012, Morsi bertindak mengembalikan parlimen yang dibubarkan tentera sebulan lebih awal. Mengikut agensi berita Mesir, Morsi mengarahkan ahli parlimen yang dilantik pada 2011, majoritinya anggota FJP dan kumpulan Islam lain, supaya kembali bersidang.[13]

Pada 12 Ogos 2012, Morsi meminta Mohamed Hussein Tantawi, menteri pertahanan dan ketua angkatan tentera negara itu, dan Sami Anan, ketua turus tentera darat, untuk meletakkan jawatan.[14] Beliau juga mengumumkan pindaan perlembagaan yang diluluskan Majlis Tertinggi Angkatan Tentera (SCAF) yang mengehadkan kuasa presiden dibatalkan.[15] Jurucakap Morsi, Yasser Ali, mengumumkan yang kedua-dua Tantawi dan Anan akan kekal sebagai penasihat kepada presiden. Morsi menamakan Abdul Fattah el-Sisi, ketika ini ketua perisikan tentera, sebagai menteri pertahanan baharu Mesir.[16]

Pada 22 November 2012, Morsi mengeluarkan pengisytiharan bagi menjaga kerja Dewan Perlembagaan yang merangka perlembagaan baharu daripada campur tangan kehakiman. Ini bermakna mereka kebal daripada sebarang tindakan undang-undang. Dekri ini cuma sah sehingga perlembagaan baharu diratifikasikan.[17] Mereka yang dituduh membunuh pembantah pada zaman Mubarak, namun dibebaskan, hendaklah dibicarakan semula. Manakala Morsi diberikan kuasa mengambil sebarang tindakan perlu bagi melindungi revolusi.[18]

Pada 1 Disember 2012, Dewan Perlembagaan menyerahkan draf perlembagaan kepada Morsi.[19] Dekri lalu dibatalkan pada 8 Disember, namun tindakan yang diambil ketika dekri berkuatkuasa kekal.[20][21][22][23][24] Pungutan suara seterusnya diadakan pada 15–22 Disember 2012 yang diterima 64% pengundi.[25]

Pada 30 Jun 2013, bantahan besar-besaran meletus di Mesir menyeru perletakan jawatan Presiden Morsi.[26]. Serentak itu, penyokong beliau turut menunjuk perasaan di Kaherah.[27]

Pada 1 Julai, Angkatan Tentera Mesir mengeluarkan kata dua 48-jam supaya kerajaan memenuhi tuntutan rakyat. Ia mengugut akan masuk campur sekiranya pertikaian belum diselesaikan ketika itu.[10] Morsi menolak kata dua tentera ini.[28]

Pada 3 Julai jam 21:00 (GMT+2), Jeneral Abdul Fattah al-Sisi mengumumkan peta jalan masa hadapan, menyatakan Morsi telah diketepikan dan ketua Mahkamah Perlembagaan telah dipilih sebagai presiden sementara. Abdul Fatah mengetuai satu majlis yang turut dianggotai diplomat Mohamed ElBaradei, Imam Besar Al-Azhar Ahmed el-Tayeb dan Paus Qibti Tawadros II.[12][29]